Вопрос, видимо, стоит так: комфорт или надежность?
Конечно, инжекторы значительно интереснее, чем карбюраторы, с точки зрения комфорта: от запуска до выравнивания работы на различных режимах, от шумности до экономичности.
Но с точки зрения надежности - механика, безусловно, выигрывает: в карбюраторе мало что может сломаться, да еще так, что хрен починишь в пути. Впрочем, хорошо отстроенный карбюратор может вполне потягаться и с инжектором, а что из них сложнее и геморнее в отстройке - еще вопрос...
Инжектор - это ведь не только форсунки и "мозги"-электроника, это еще куча датчиков: ДПКВ, ДМРВ/ДАД, температура (я, правда, не знаю, что там в лодочных, но без ДПКВ точно никуда!). А еще кто-то должен "давить" топливо, то есть электронасос высокого давления и топливный аккумулятор? В итоге - плодится число точек отказа, и для повышения надежности придется с собой иметь и все датчики, и пару форсунок, и в идеале - запасной "компьютер"; мало того - уметь их заменить. Мне кажется - это и дорого, и малореально.
А карб - ну, если иметь ремкомплект (копейки) и насос для продувки - ожидать конкретной подляны от него сложно. 
Да, и вот еще: качество топлива... вдруг придется заправляться на периферии, на "левой" заправке? Уверен - инжектору это не понравится.
А карб - ну, с трудом, но прожует... если осторожно.
В общем, думаю, для комфортных покатушек в окологородской черте (недалеко чтобы от нас. пунктов), да в компании - инжектор хорош весьма. Для затяжных дальних походов (особенно одиночных) - я бы лично не рискнул с ним связываться.
Вот схема Энвирудовского инжектора E-TEC:

1. модуль управления двигателем (ЕММ);
 2. аккумуляторная батарея (12 В);
 3. статор;
 4. датчик положения коленчатого вала (CPS);
 5. датчик положения дроссельной колонки (ТРS);
 6. выключатель предотвращения запуска не в нейтральном режиме;
 7. датчик температуры воздуха (АТ);
 8. датчик давления масла;
 9. датчик температуры двигателя;
 10. топливный насос высокого давления;
 11. масляный инжекционный насос;
 12. катушка зажигания;
 13. топливный инжектор;
 14. тахометр/индикаторы системы оповещения;
 15. диагностический коннектор (разъем);
 16. светодиодные индикаторы.
Вот схема подачи топлива:

1. подача топлива из бака на лодке;
 2. подача масла для предотвращения загрязнения инжектора;
 3. топливный насос низкого давления;
 4. шланг компенсации пульсаций давления в картере двигателя;
 5. топливный фильтр;
 6. подача топлива в сепаратор (паров топлива);
 7. сепаратор (паров топлива);
 8. топливный насос высокого давления;
 9. подача топлива к инжекторам;
 10. топливные инжекторы;
 11. обратная топливная магистраль;
 12. отвод паров топлива во впускной коллектор;
 13. регулятор давления топлива.
(взято 
отсюда)
Не пугает?